El tipo de ecuación que se plantean en los problemas de pH, se pueden resolver utilizando un programa que permita resolver un sistemas de ecuaciones. Por ejemplo el programa Mathematica .

Utilizando este programa uno puede utilizar los siguientes comandos para encontrar el valor de un pI.

Así para un péptido que tiene grupos ionizables con pKs = 2.5, 3.5 y 8 se puede plantear el siguiente sistemas de ecuaciones derivados de Henderson-Hasselbalch

En el Mathematica se puede resolver de la siguiente manera utilizando la función SOLVE.

Donde x es la única incógnita, que es el pH=pI.